2015年2月7日土曜日

朝一はハードルの低いタスクがいい。それからメインを。

朝はいつものように渋滞の合間を縫うようにして自転車で出勤。

朝一は、ハードルの低い実験からはじめるのがいい。
昨日からの続きとかがいい、細胞観察、コロニーのチェックとか。
今日は細胞の観察。

それから次にメイン。

16個のサンプルを同時にIPしてたのをWash, Elution.

実験系が確立できたので、こういうことができる。

獲得した能力を使って、沢山試してデータを出す時期にきている。
職人が、技術を覚えたので、沢山やっているところだ。
週末か来週にWesternやMassSpec, その後ChIP-seqができることが楽しみ。


午後3時からConfocal MicroscopyのTraining.

そのためそれまでは、実験できずに細々した用事を済ませた。
 Credit cardのActivationとか
 発注していたGelを受け取りに行ったり
 調べ事をしたり、、

Confocal Trainingは、まあ無難に終わりました。

マイノリティさんと一緒だったので、今後も彼にお願いすることになりますが、自分でも撮影したり、一緒にやることもあるかもしれない。特に機器の扱い、ソフトウェアの扱いは僕のほうが得意かな。

ただ彼は、専門的に顕微鏡観察が得意で、写真から何かを発見できる人なので、今後も彼にお願いできることはある。

写真から重要な部分を切り抜いてFigureにするとかいった作業もできるだけお願いしていこう。

Trainingの女性LHもちゃんとした人だった。
わからないことがあれば彼女に聞けばいい。

Training後にマイノリティさんと珈琲飲みながらMtg。やるべき方向がみえています。

2015年2月6日金曜日

Bone Chilling Cold!! / プロジェクトが5つもあるのでコラボで終わらせていく / 職人・技術者の世界 / インパクトとは流行?

今日はラボを出た4時頃は、快適に自転車に乗ってられる寒さで、−5℃くらいであったが、Peet'sに寄り道して6時頃になると寒すぎると感じるくらいの−10℃を切る寒さであった。明朝にかけて−20℃まで冷えるらしい(Bone Chilling cold) ので、部屋をOil heaterでガンガンに温めており、明日も無理せず最低限の仕事にしようと思っている。

贅沢や無駄のないスタイルを目指したい。

大事なことを必死にやれば、自然とそうなる。

今日は、そう考えて生きていた。

今朝は、研究論文の構成について、カテゴリーに分けて整理していた。前立腺がんについてのテーマが3つ、乳がんについてが2つである。これらは基本自分が筆頭著者としての仕事であるが、ちょっと多い。いったいつまでかかるんや。他の人に2つ3つあげてもいいから早く終わらせたい。Swapping???
特に乳がんについては、コラボレータの中国のおばちゃんのテーマと重複してきている。彼女の方法と、自分の方法をうまく組み合わせられないかな。
彼女はマウスのモデルを使い、ノックアウトとか、刺激の仕方も特別だ。それに対し、僕はヒトの細胞を使い、ノックアウトはしていないし、刺激も簡便な方法を使っている。僕の方法だと、それほど手が込んでいないので、インパクトがどうなるかだ。。。
前立腺がんのほうも、基本同じことなので、ノッポーリッシュとのコラボの話が追い風になるといいなあ。予備実験のサンプルを彼女に渡して、まず予備実験をやってもらおう。大きな(ノックアウトとか、凝ったやつ)は、その後にしたい。

整理がだいたいついたので、イギリス紳士とのMeetingにむかった。紳士は総説を書いていた。情報を交換したが、できるだけ性格な知識と、私がどういう仮説で研究を進めているかを彼に伝えるのが第一の作業となった。彼はそれを参考に総説を書いて、私にみせると言った。私がそれを校閲、修正、編集してから投稿する。総説を出すことで予算取得を有利に進めるとの算段だ。(紳士の常套手段)。

実験は、予定していたIPだけにした。集中力は要するものの、一瞬(1時間ほど)だ。明日に続きをする。

あとは弁慶といつものように雑談したり。弁慶は実験原理の理解とプロトコルの確立が今ひとつだ。私だって時間がかかった。1つの実験系を自信をもって、プロトコルなどほとんど見ずに、原理をおおよそ理解してできるようになるまで2−3年かかる。職人の世界、技術者の世界。。。これはサイエンスと言えるのだろうか。。。

4時頃にはラボをあとにし、カフェへ。Peet'sはCoffeeはうまいが、Internetが遅いので、Internetを使う仕事には向かない。そこでまた各プロジェクトについて、次に何をやるかを文章のリストで整理した。妥当な流れである。しかしインパクトが足りない。方法が簡単すぎる。NGSを使うとかCrisper/cas9を使ってKnockout、Knockinするとか、Sigle cellを解析するとか、せめてFACSを使うとか、Stem cellに注目するとか、Live Imagingをするとか、どれか入れて行かないと中くらいの雑誌に乗るかも怪しい。ようやくいくつか手の届く簡単なものは動き始めている。それでいいだろう。手の届くものから自然な流れでやるしかない。あとはキッカケとかアンテナの張り方次第。勉強会にもっと顔出さな!!

珈琲を水筒に入れ持ち歩く。。

今日は、Decaf Coffeeを入れた水筒を持参したにも関わらず、朝にCaffeinated coffeeを一回、その後3回もDecaf Coffeeを買ってしまった。どういうことかというと、持参したDecaf coffeeだと飲んだ気がしなかったので、朝はCafeineをとり、そのあともDecafを買ってしまったのだ。

ちょっと考えないといけない。

例えば、朝一は自宅でCaffeinated coffeeを飲み
職場では、Decafの濃いやつを飲む。
それでどや!

今日のは、妻が淹れたやつだったしな。
明日は自分で濃いDecaf coffeeをつくろう!

論文の構成決めて決定的に重要な実験のみやる / 予算申請前に総説を出す

朝は0℃で霙であったが、夕方は体感気温−5℃程度で曇りであった。行きは大変、帰りは楽ちんだった。

去年は、イギリス紳士との毎週のMeetingがたち消え、あまり行わなかった。僕のMotivationが低下したせいだ。
今日も行かないつもりだったが、気が変わり10時半に彼の部屋に行った。
彼は僕が留学後3年半、注目し研究してきた分子についての総説を書いているところだった。ノッポポーリッシュを含めた三人で予算申請することを決めたので、申請書類が通りやすくするために総説を書くのだという。彼の業績をみると時折総説があり、大した内容ではなく、シンプルなものであったが、あれはそういう意味があったのだ。

唾を付けるというやつだ。

そういえば以前のボスである春ちゃんも、方法についてのブックチャプターを書くときに、最新のOriginalな方法を書いておき、あとでその方法をOriginal Articleを引用するという裏技もあるといっている。これも唾を付けるというやつだ。

イギリス紳士と話していると、以下のことがわかった
  1. 彼は、古い文献における、彼の専門の蛋白リン酸化についてばかり引用していた
  2. 彼はSUMOYLATIONについて理解が不十分で、間違いを指摘すると、総説にこうかいてあったと怒りだした。なので丁寧に教えておいた。
  3. 色々と質問してくるので、私のオリジナルの仮説や今後の方向性も含めて丁寧に説明しておいた。
  4. 彼は文献を新しいものも含めて全部あたるだろうし、総説執筆を通して色々と情報を記憶するだろうから、それは僕にとっても有利。
昼ごはんを遅らせてでも、今日のメインの実験(IP)を行った。

イギリス紳士とのDiscussionで、新しい実験を彼が思いついたが、それは優先純度が低く、大して重要ではないので、後回しとした。最も重要な事を着実に進めるのだ。「空き時間で、これもあればいいな的な実験に手を出すと、手が足りなくなる。」大きな実験をやれば、それも含まれてきます、当然そうなるでしょ、あとでも確認できるでしょ的な実験には手を出さないという選択肢が有効だ。

あとはいつもどおり、弁慶のDiscussionの練習相手を軽くしてやった。

今日の勝因は、朝一で、論文の構成を考え、それについてイギリス紳士に伝えたこと。その構成において決定的に重要な実験が浮かび上がったので、それのみを優先的に勧め、ソレ以外はやらないこととした。


2015年2月5日木曜日

動画のイメージで。夕食後に車でラボに行く。

お気に入りの動画をみたそのイメージのままで、アプローチしたらうまくいった。最高でした。風呂場を含め睡眠を挟んで一晩2回とはな。そのあとは流石に寝た。三時半くらいか。次は6時に目が覚めた。空腹。冷凍から解凍したごはん2塊を海苔でたべ、みそ汁をすすった。夕食後に車でラボに行くというオプションをつける。妻も同意するだろう。僕が育った大学ではみなそうしていた。仕事、学問、収入で勝とうと思ったら当然。実験だけでなく、雑誌から情報を得る時間、勉強会、研究会、学会でプレゼンを聞く時間も必要だ。

深夜のメモ(足りないこと、しゃべる力、政治力、交渉力、臨床出身の学者という立場)

目が覚めたら夜中の二時半だった。

まるで10年前の悪夢のようだ。

夢に出てきたのは

色々と足りないというのはわかっているということ。

自分が必死に走り始めたことと

オーストラリアの弁慶が仲間を増やしてきたというその刺激によって、神経が興奮している。

それで、夜中に興奮して目が覚めた。

何が足りないのか

労働力(自分の)
   もっと働ける筈だ。
   何に力を注ぐかを考えよう。
  実験のハードワーク、実験技術を身につけること。
  頭脳のハードワーク、頭を使って前へ前への進むこと。

人を働かせる、人を使う力
  マイグレーションアッセイについて弁慶にもう一度聞いてやらせよう。
  マルコポーロにも。
  トーク、スモールトークを繰り返す中で信頼を得るしかない。
  人はなんで動くのか? それは人によるだろう。
     信頼関係が一番。
     信頼が一番。
    こいつちゃんと考えて行きてるな、ちゃんと仕事してるなというところ。

しゃべる力
    トークをもっともっと上手くならないと。

うまく、しゃべって人を動かそうという意欲
政治力
   とにかくあの手この手で物事を進める力

英語力

交渉力

新しい分野、つまり次世代シーケンサやバイオインフォマティクスに関する知識とそれを進める力、推進力
   勉強が足りない
  仲間、先生はいる。
  経験も足りない。
  成功例もまだまだみていない。論文や学会発表。

悪魔の力=色々なものを力にして前に進む力

何をどう研究するかというモチベーション
   研究テーマはこれでいいのか
  アプローチはこれでいいのか
  という漠然とした不安

なぜ研究なのかというモチベーション
  医療でなく? 
  日本でなく、アメリカ?
  ほかの場所でなく、ボストン?
  ほかのラボでなくこの人なの?

各プロジェクトの客観的な位置づけ
  社会やコミュニティにとっての重要性

社会の中での自分の位置づけ
  自分はいまどのへんにいて、何をすべきなのか?
  臨床出身の生物学者として、どのような研究をすればいいのか?
    臨床に近い世界は色々とやかましい。
    やれどう役に経つのかとか。
    それに臨床に対して不真面目だった自分には、どうも合わない??
     研究の世界では、ここだ、これが気になるということに没頭できる。
    だからわざと臨床と距離を置いている。

成功してやろう、出し抜いてやろうという気概、根性、人間力
  どうやって野心を高められるか?

若手ポスドクがコラボレータをみつけてきた

今日オーストラリアンナイスガイが突然コラボレータを2人も連れてきた。1人はバイオインフォマティシャンで院生のねえちゃん、クリスと名乗った。すごい学歴で数学が得意らしい。ウェットをしてたが転向したという。RNAseqが専門か他にもやるのかと聴くとAny analysis と平然と答えた。まあこれはアメリカ人特有のポジティヴなスタンスでしょ。だって経験は浅いわけだし、実績もないでしょ。まあ今信頼のおけるイケメンイタリアンがいるからクリスは二番手として様子見ましょう。時々オーストラリアンから様子を聞けばよろし。

だいたい早口のアメリカ人にはこっちはアレルギーがある。以前クリスティーナが早口で訛りがひどくて困った。あれに比べるとこの数学女子は体して早口ではないし訛りも少な
い。

もう1人は動物から組織をとってくるのが専門らしい。ちょっと変わり者なタイプぽい。
この娘らを引き連れてオーストラリアンは、我々のがんの研究に正常コントロールを加え、データ解析までクリスにやらすという。イケメンイタリアンには会わせた筈だがどうすんのそこは?まあイタリアン主導でやらせてるんだから好きにやらせていいでしょ。彼はライブラリー作るとかIPらるのにえらく時間がかかっていて一度も実験に成功した試しがないが、研究のデザインとか組織作りチーム作りをしたくなったんでしょ。
おいらだったらまず自分で結果を出すことを考えるんだが発想が違うもんだね。